MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lactobacillus sanfranciscensis TMW 1.1304 plasmid pLS2

Total Repeats: 402

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015980	TAAAA	2	10	1	10	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015980	ATA	2	6	11	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015980	TA	3	6	38	43	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015980	TAA	2	6	72	77	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015980	A	7	7	86	92	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015980	GGT	2	6	138	143	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015980	GAATT	2	10	175	184	40 %	40 %	20 %	0 %	347533685
8	NC_015980	A	6	6	199	204	100 %	0 %	0 %	0 %	347533685
9	NC_015980	TTA	2	6	207	212	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533685
10	NC_015980	CAAC	2	8	238	245	50 %	0 %	0 %	50 %	347533685
11	NC_015980	CAAA	2	8	260	267	75 %	0 %	0 %	25 %	347533685
12	NC_015980	TATAAA	2	12	347	358	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533685
13	NC_015980	CTG	2	6	382	387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533685
14	NC_015980	AT	3	6	410	415	50 %	50 %	0 %	0 %	347533685
15	NC_015980	AAGA	2	8	439	446	75 %	0 %	25 %	0 %	347533685
16	NC_015980	ACC	2	6	512	517	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	347533685
17	NC_015980	TTA	2	6	529	534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533685
18	NC_015980	AT	3	6	623	628	50 %	50 %	0 %	0 %	347533685
19	NC_015980	A	6	6	698	703	100 %	0 %	0 %	0 %	347533685
20	NC_015980	GAAAA	2	10	754	763	80 %	0 %	20 %	0 %	347533685
21	NC_015980	AAT	2	6	773	778	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533685
22	NC_015980	A	6	6	782	787	100 %	0 %	0 %	0 %	347533685
23	NC_015980	ATG	2	6	808	813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533685
24	NC_015980	AAG	2	6	846	851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	347533685
25	NC_015980	GTT	2	6	873	878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533685
26	NC_015980	AAAT	2	8	883	890	75 %	25 %	0 %	0 %	347533685
27	NC_015980	AAT	2	6	928	933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533685
28	NC_015980	A	8	8	944	951	100 %	0 %	0 %	0 %	347533686
29	NC_015980	ATA	2	6	974	979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533686
30	NC_015980	AATA	2	8	1074	1081	75 %	25 %	0 %	0 %	347533686
31	NC_015980	A	6	6	1089	1094	100 %	0 %	0 %	0 %	347533686
32	NC_015980	TA	3	6	1168	1173	50 %	50 %	0 %	0 %	347533686
33	NC_015980	ACC	2	6	1182	1187	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	347533686
34	NC_015980	GAA	2	6	1228	1233	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	347533686
35	NC_015980	A	7	7	1240	1246	100 %	0 %	0 %	0 %	347533686
36	NC_015980	T	7	7	1258	1264	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015980	ATT	2	6	1319	1324	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015980	ATTAT	2	10	1395	1404	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015980	CTT	2	6	1429	1434	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_015980	T	6	6	1433	1438	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015980	ATT	2	6	1441	1446	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015980	TA	3	6	1454	1459	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015980	ATT	2	6	1489	1494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015980	AAAACA	2	12	1498	1509	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_015980	T	7	7	1519	1525	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015980	ATT	2	6	1580	1585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015980	ATTAT	2	10	1656	1665	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015980	CTT	2	6	1690	1695	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_015980	T	6	6	1694	1699	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015980	ATT	2	6	1702	1707	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015980	TA	3	6	1715	1720	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015980	ATT	2	6	1750	1755	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015980	AAAACA	2	12	1759	1770	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_015980	T	8	8	1780	1787	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015980	ATT	2	6	1842	1847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015980	ATTAT	2	10	1918	1927	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015980	CTT	2	6	1952	1957	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_015980	T	6	6	1956	1961	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015980	ATT	2	6	1964	1969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015980	TA	3	6	1977	1982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015980	ATT	2	6	2012	2017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015980	AAAACA	2	12	2021	2032	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_015980	TCT	2	6	2043	2048	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_015980	AT	3	6	2118	2123	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015980	T	6	6	2123	2128	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015980	ACA	2	6	2150	2155	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_015980	TAG	2	6	2174	2179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015980	GAA	2	6	2200	2205	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015980	AGC	2	6	2217	2222	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_015980	TAC	2	6	2277	2282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_015980	A	6	6	2388	2393	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015980	GTT	2	6	2579	2584	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533687
73	NC_015980	CT	4	8	2596	2603	0 %	50 %	0 %	50 %	347533687
74	NC_015980	CAA	2	6	2605	2610	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533687
75	NC_015980	TGA	2	6	2756	2761	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533687
76	NC_015980	GAC	2	6	2811	2816	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533687
77	NC_015980	TGA	2	6	2837	2842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533687
78	NC_015980	T	7	7	2985	2991	0 %	100 %	0 %	0 %	347533687
79	NC_015980	ATT	2	6	3118	3123	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533687
80	NC_015980	AATTT	2	10	3134	3143	40 %	60 %	0 %	0 %	347533687
81	NC_015980	T	6	6	3141	3146	0 %	100 %	0 %	0 %	347533687
82	NC_015980	TGC	2	6	3210	3215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533687
83	NC_015980	AAT	2	6	3238	3243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533687
84	NC_015980	TCT	2	6	3269	3274	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533687
85	NC_015980	AATT	2	8	3288	3295	50 %	50 %	0 %	0 %	347533687
86	NC_015980	TCC	2	6	3346	3351	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	347533688
87	NC_015980	GTT	2	6	3377	3382	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533688
88	NC_015980	TCT	2	6	3412	3417	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533688
89	NC_015980	AGCG	2	8	3487	3494	25 %	0 %	50 %	25 %	347533688
90	NC_015980	T	6	6	3501	3506	0 %	100 %	0 %	0 %	347533688
91	NC_015980	ATC	2	6	3543	3548	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_015980	ATTA	2	8	3586	3593	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015980	TAGGA	2	10	3629	3638	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015980	A	7	7	3654	3660	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015980	T	6	6	3679	3684	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015980	TCT	2	6	3737	3742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_015980	CCA	2	6	3830	3835	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_015980	TAA	2	6	3838	3843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015980	GAA	2	6	3857	3862	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015980	TGTTTT	2	12	3892	3903	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015980	ATAA	2	8	3904	3911	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015980	T	6	6	3930	3935	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015980	CTG	2	6	3952	3957	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015980	ATT	2	6	3958	3963	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015980	GAA	2	6	4017	4022	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015980	TCGTG	2	10	4031	4040	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_015980	ATG	2	6	4108	4113	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015980	AGC	2	6	4196	4201	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_015980	AGA	2	6	4349	4354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015980	AT	3	6	4576	4581	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015980	ATTCA	2	10	4596	4605	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_015980	CAG	2	6	4634	4639	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015980	CCCA	2	8	4673	4680	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
114	NC_015980	CAA	2	6	4731	4736	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_015980	TAAC	2	8	4739	4746	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_015980	GTTG	2	8	4752	4759	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015980	AAT	2	6	4784	4789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015980	TGT	2	6	4805	4810	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015980	AT	3	6	4833	4838	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015980	ATT	2	6	4908	4913	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015980	CAA	2	6	5026	5031	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533689
122	NC_015980	ATC	2	6	5033	5038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533689
123	NC_015980	TTG	2	6	5063	5068	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533689
124	NC_015980	AAT	2	6	5155	5160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533689
125	NC_015980	CCA	2	6	5175	5180	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	347533689
126	NC_015980	ATC	2	6	5192	5197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533689
127	NC_015980	CAA	2	6	5228	5233	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533689
128	NC_015980	CAA	2	6	5344	5349	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533689
129	NC_015980	TGG	2	6	5498	5503	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	347533689
130	NC_015980	ATG	2	6	5507	5512	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533689
131	NC_015980	CAA	2	6	5567	5572	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533689
132	NC_015980	TAAT	2	8	5617	5624	50 %	50 %	0 %	0 %	347533689
133	NC_015980	TAA	2	6	5677	5682	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533689
134	NC_015980	A	6	6	5726	5731	100 %	0 %	0 %	0 %	347533689
135	NC_015980	TAGG	2	8	5771	5778	25 %	25 %	50 %	0 %	347533689
136	NC_015980	ATA	2	6	5831	5836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533689
137	NC_015980	ATC	2	6	5858	5863	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533689
138	NC_015980	T	8	8	5919	5926	0 %	100 %	0 %	0 %	347533689
139	NC_015980	TTTAA	2	10	5934	5943	40 %	60 %	0 %	0 %	347533689
140	NC_015980	TTG	2	6	5996	6001	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533689
141	NC_015980	TCC	2	6	6037	6042	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
142	NC_015980	TTTTAT	2	12	6061	6072	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015980	AT	3	6	6126	6131	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015980	CGA	2	6	6268	6273	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533690
145	NC_015980	CCGAA	2	10	6303	6312	40 %	0 %	20 %	40 %	347533690
146	NC_015980	AAC	2	6	6324	6329	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533690
147	NC_015980	TATTT	2	10	6351	6360	20 %	80 %	0 %	0 %	347533690
148	NC_015980	TAT	2	6	6432	6437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533690
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150	NC_015980	CTT	2	6	6507	6512	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533690
151	NC_015980	ATT	2	6	6595	6600	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533690
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224	NC_015980	TAAT	2	8	10299	10306	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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275	NC_015980	T	6	6	12600	12605	0 %	100 %	0 %	0 %	347533695
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402	NC_015980	ATT	2	6	18704	18709	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.